在过去的20年里,基因测序领域经历了一场戏剧性的革命。2001年,组装人类基因组的30亿个碱基对的第一个副本发表了。从那时起,基因测序的价格急剧下降,DNA片段测序已经成为生物学和医学实验室的常规。爱博网投领导者许多研究的重点是识别与正常功能和疾病相关的遗传模式和基因。然而,某些基因组区域的特征仍然很差。
在今天发表在杂志上的一项研究中自然通讯由Bar-Ilan大学Alexander Kofkin工程学院Gur Yaari教授领导的一组研究人员揭示了他们开发的一种新的计算工具,用于研究决定免疫系统动态的基因变异,并用于分析100个人的遗传变异。
目前对决定免疫系统功能的区域的了解非常有限。原因是这些区域的重复结构,这阻碍了短DNA读取到它们在这些区域内的确切位置的映射。Yaari教授说:“尽管对这些区域的了解有限,但它们对于更深入地了解免疫系统,以及预测疾病和开发针对癌症、炎症、自身免疫性疾病、过敏和传染病的个性化医疗新工具至关重要。”
我们的免疫系统可以适应无数的威胁(病原体),甚至是不断进化的威胁。参与这项研究的博士生Moriah Gidoni解释说:“在其他机制中,这是通过B和T白细胞表达的大量受体来完成的。”“人体含有数百亿个B细胞,每个B细胞都表达一种不同的抗体受体,可以结合不同的病原体。在编码抗体的基因组区域相对较短的情况下,如何实现如此巨大的抗体多样性?多样性是通过每个B细胞只表达从整个区域随机选择的少量DNA片段来实现的,这些片段一起编码一个完整的抗体。”
与其他人类特征类似,编码免疫受体的基因组区域在人与人之间也会发生变化,每个人都有两个这样的区域,分别遗传自母亲和父亲。编码每个抗体的片段在每个B细胞中只从一条染色体中选择,因此绘制在每条染色体上发现的片段是非常有价值的,这是一个人能够编码抗体的池。例如,缺少某些片段的人无法产生某些抗体,这可能会阻碍他对抗某种病原体的能力,使他更容易受到由病原体引起的疾病的影响。
根据研究人员的说法,了解这些区域遗传变异的间接方法是在成熟B细胞已经选择表达哪些片段后读取其基因序列,并从这些数据推断每个人体内的遗传多样性。
分析显示,许多基因组区域的缺失和重复模式比预期的要丰富得多。领导这项研究的Yaari教授说:“尽管这些基因组区域对我们了解免疫系统和各种疾病至关重要,但到目前为止,我们的知识仅限于标准测序灯柱下的内容。像我们小组最近开发的计算工具,可以从一个完全不同的角度来看待这个非常重要的基因组区域,其中包含大量有价值的生物和医学信息。”
这项研究是与来自美国、挪威和澳大利亚的研究小组合作进行的。
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