EMBL欧洲生物信息学研究所和威康桑格研究所的研究人员已经确定了生活在人类肠道中的近2000种细菌。这些物种还有待在实验室培养。该团队使用了一系列计算方法来分析来自世界各地的个体样本。
研究结果发表在该杂志上自然强调,尽管研究人员可能越来越接近于创建北美和欧洲肠道中常见微生物的综合清单,但世界其他地区的数据严重缺乏。
人的肠道是许多种微生物的家园,统称为肠道菌群。尽管在该领域进行了广泛的研究,但研究人员仍在努力识别生活在我们肠道中的单个微生物物种,并了解它们在人类健康中扮演的角色。
“重建”的细菌
有很多原因可以解释为什么一些属于肠道菌群的微生物物种在这么长时间内仍然不为人所知,比如肠道内的丰度低或无法在肠道外生存。通过使用计算方法,研究人员能够重建这些细菌的基因组。
“计算方法使我们能够了解我们还不能在实验室培养的细菌。使用宏基因组学来重建细菌基因组有点像把所有的碎片混合在一起后重建数百个拼图,不知道最终的图像是什么样子,然后从混合物中完全去除一些碎片,只是为了让它变得更难,”EMBL-EBI的组长罗布·芬恩说。“研究人员现在正处于一个阶段,他们可以使用一系列计算工具来补充,有时甚至指导实验室工作,以发现对人类肠道的新见解。”
地理多样性
这项研究强调了世界各地肠道细菌的组成是如何不同的,以及我们研究的样本反映这种多样性是多么重要。
“我们在欧洲和北美人群的数据中发现了许多相同的细菌种类,”芬恩继续说。“然而,我们在这项研究中获得的少数南美和非洲数据集显示,在以前的人群中不存在显著的多样性。这表明,如果我们想要真正全面地了解人类肠道的组成,从代表性不足的人群中收集数据是必不可少的。”
人类肠道的蓝图
embi - ebi和威康桑格研究所的博士后Alexandre Almeida说:“计算方法使我们能够了解生活在人类肠道中的许多细菌物种,它们是如何进化的,以及它们在微生物群落中可能扮演什么样的角色。”“在这项研究中,我们利用最全面的胃肠道细菌公共数据库来识别以前从未见过的细菌种类。我们使用的分析方法具有很高的可重复性,未来可以应用于更大、更多样化的数据集,从而实现进一步的发现。”
“像这样的研究正在帮助我们创建所谓的人类肠道蓝图,这在未来可以帮助我们更好地了解人类健康和疾病,甚至可以指导胃肠道疾病的诊断和治疗,”Wellcome Sanger研究所的组长Trevor Lawley总结道。
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材料所提供的欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息学研爱博网投领导者究所。注:内容可能会根据风格和长度进行编辑。
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