该论文今天(2021年2月18日)发表在细胞包含了对在世界不同地区收集的28,000多个肠道微生物组样本的分析。研究人员发现的病毒数量和多样性惊人地高，这些数据为了解生活在肠道中的病毒如何影响人类健康开辟了新的研究途径。

人类肠道是一个生物多样性惊人的环境。除了细菌，还有成千上万种被称为噬菌体的病毒也生活在那里，这种病毒可以感染细菌。

众所周知，我们肠道微生物群的不平衡会导致疾病和复杂的状况，如炎症性肠病、过敏和肥胖。但是，我们对肠道细菌和感染它们的噬菌体在人类健康和疾病中所起的作用知之甚少。

Wellcome Sanger研究所和EMBL的欧洲生物信息学研究所(EMBL- ebi)的研究人员使用一种称为宏基因组学的dna测序方法，探索并编目了28,060个公共人类肠道宏基因组和2898个从人类肠道培养的细菌分离基因组中发现的病毒物种的生物多样性。

分析发现，人类肠道中生活着超过14万种病毒，其中一半以上是以前从未见过的。

embi - ebi和威康桑格研究所的博士后Alexandre Almeida博士说:“重要的是要记住，并非所有病毒都是有害的，但它们是肠道生态系统的一个组成部分。首先，我们发现的大多数病毒都有DNA作为遗传物质，这与大多数人知道的病原体不同，比如SARS-CoV-2或寨卡病毒，它们都是RNA病毒。其次，这些样本主要来自没有任何特定疾病的健康个体。看到有多少未知物种生活在我们的肠道中，并试图解开它们与人类健康之间的联系，这是很有趣的。”

在发现的成千上万种病毒中，发现了一种新的高度流行的进化支——一组被认为有共同祖先的病毒，作者将其称为Gubaphage。这被发现是人类肠道中第二大流行的病毒分支，仅次于2014年发现的噬菌体。

这两种病毒似乎都感染了相似类型的人类肠道细菌，但没有进一步的研究，很难知道新发现的Gubaphage的确切功能。

这项研究的第一作者、来自Wellcome Sanger研究所的Luis F. Camarillo-Guerrero博士说:“我们工作的一个重要方面是确保重建的病毒基因组具有最高质量。严格的质量控制管道加上机器学习方法使我们能够减轻污染并获得高度完整的病毒基因组。高质量的病毒基因组为更好地理解病毒在我们肠道微生物组中的作用铺平了道路，包括发现新的治疗方法，如来自噬菌体来源的抗菌剂。”

这项研究的结果构成了肠道噬菌体数据库(GPD)的基础，这是一个高度管理的数据库，包含142,809个非冗余噬菌体基因组，对于那些研究噬菌体及其在调节肠道细菌和我们自身健康方面所起作用的人来说，这将是一个宝贵的资源。

这项研究的资深作者、来自威康桑格研究所的特雷弗·劳利博士说:“噬菌体研究目前正在经历复兴。这种高质量、大规模的人类肠道病毒目录来得正是时候，可以作为指导未来病毒研究中生态和进化分析的蓝图。”