研究小组在他们的研究中检查了33名健康的成年人。一组22名志愿者在2014-2015年流感季节进行了研究，第二组11名志愿者在2015-2016年流感季节进行了研究。这22名志愿者对2014-2015年季节性流感疫苗中所含的流感病毒株具有高度的预先免疫力。11名志愿者对2015-2016年季节性流感疫苗病毒株的免疫力较低。

所有研究参与者都接种了季节性流感疫苗。在接种疫苗之前，每组中一半的参与者还接受了为期五天的广谱抗生素方案(包括新霉素、万古霉素和甲硝唑)口服治疗。通过分析接种疫苗一年后不同时间采集的粪便和血清样本，研究人员追踪了参与者对流感疫苗的免疫反应，以及肠道微生物组中微生物的多样性和丰度。

正如预期的那样，大多数接受抗生素治疗的参与者肠道细菌水平降低。此外，在2015-2016年对季节性流感病毒疫苗株几乎没有免疫力的参与者中，抗生素疗程阻碍了他们对疫苗中三种流感病毒株之一的免疫反应，这是一种H1N1 a /加州特异性病毒。这组作者说，这可能表明，如果他们在接种疫苗后接触到这种H1N1病毒，这些参与者对这种病毒感染的保护程度将低于没有接种抗生素的人。这一发现支持了早先在老鼠身上的研究结果。

研究人员还发现，服用抗生素的人的免疫系统发生了变化，促进了促炎状态，类似于接种流感疫苗的老年人的情况。研究人员认为，这种促炎状态与微生物组调节胆汁酸代谢的过程有关——微生物较少，这一过程就会被破坏。人类的微生物组随着年龄的增长而自然变化，研究人员建议，对这些途径的进一步研究可以深入了解为什么老年人对流感疫苗的反应不同，以及为什么他们的整体免疫系统较弱。